Im Jahr 2065 befindet sich die Erde im Zentrum eines Krieges mit extradimensionalen Außerirdischen namens Nova. Die Streitkräfte entwickeln und trainieren Pandoras, Töchter, die spezielles genetisches Gewebe namens Stigmata (Seikon) nutzen können, um übermenschliche Kampfwaffensysteme und -fähigkeiten zu demonstrieren. Die Pandoras werden von männlichen Partnern unterstützt, die Limiter genannt werden und bestimmte „Einfrierkräfte“ einsetzen, um die Freiheit ihrer Konkurrenz einzuschränken.
Jeder dieser Begrenzer ist Kazuya Aoi, deren verstorbene Schwester eine Pandora war. Kazuya trifft auf eine starke Pandora, Satellizer el Bridget, mit dem Spitznamen "Unberührbare Königin", auf ihren gefühllosen Stil und ihre extreme Aphephobie, während sie die West Genetics Academy in Japan besucht. Trotz der Warnungen seiner Schulkameraden, sich von Satellizer fernzuhalten, ist sie mit Kazuya befreundet und bittet darum, ihr Limiter zu sein. Satellizer willigt ein, sich mit ihm zu verbinden, obwohl sie bald auf einen Liebeswettbewerb namens Rana Linchen stößt, die glaubt, Kazuya sei ihre Seelenverwandte, nachdem sie sie durch mehrere Kämpfe gegen College-Gegner mit wechselnden Positionen und Kursen unterstützt hat. Wenn die Novas ihr College angreifen und Pandoras unter ihrer Kontrolle nutzen, um Zugang zum unterirdischen Labor der Institution zu erhalten, wird ihre Konkurrenz beseitigt.
Satellizer und Kazuya schließen sich einigen Schülern von West Genetics in einem Labor in Alaska an, wo sie möglicherweise zusammen mit der Aufgabe Evolution Pandora (E Pandora) helfen sollen, damit normale Frauen Stigmata-Transplantationen zu Pandoras werden können. Wenn einer der E-Pandoras wütend wird, fragen die anderen, ob die Medikamente im Experiment nicht gefährlich sind, sondern den Wünschen der Unternehmensorganisation und des Managers entsprechen. Nachdem die E-Pandora Amelia Evans festgestellt hat, dass sie verwendet werden müssen, bis sie entbehrlich sind, lenkt sie einen Aufstand, der zu einem vollständigen Aufprall auf Nova Clash eskaliert.
Kazuya erfährt mehr über die Verbindungen seiner Familie zur Nova und zur Pandora. Kazuyas Opa Gengo Aoi fand den gleichen Job, der Rana und Satellizer zu einem einzigartigen Team mit Frauen namens Valkyries zusammenbringt. Trotzdem werden während der Demonstrationsaktivität mit maßgeschneidertem Nova, das Dummy ist, Wahnvorstellungen von den Pandoras erlebt, und die Dummy-Novas werden zu einer Legion von 100 Nova, die die Genetik dezimieren. Gengo wirkt dem entgegen, indem er die legendären Pandoras freisetzt, die die Tanten von Kazuya sind. Die Chevalier-Bemühungen, Gengo mit mehreren Sträflingen zu ermorden, werden Busters genannt, als einige der legendären Pandoras sich in tödliche Novas verwandeln, aber der Auftrag fällt auseinander.
