Venus Versus Virus dreht sich um das Leben der jungen Mädchen namens Sumire Takahana und Lucia Nahashi, die sich trafen, als Sumire auf mysteriöse Weise Lucias Geheimnisse bei der Venus Vanguard entdeckte, einer Gruppe, die Dämonen namens „Virus“ jagt, angeführt von Lucias Adoptivvater Nahashi. Während sie Jobs von Leuten annehmen, die die Venus Vanguard-Broschüre finden, bekämpfen sie das „Virus“, während sie nach ihren wahren Wurzeln und Motiven suchen, und dafür findet Lucia, dass Sumire viel nützlicher sein kann, als sie scheint.
