Das Empire of Britannia marschierte mit riesigen Roboterwaffen namens Knightmare Frames in Japan ein. Japan wurde auf Area 11, eine kaiserliche Kolonie, reduziert und sein Volk als Elevens bezeichnet. Zu dieser Zeit schwor Lelouch, ein junger britannischer Junge, der nach Japan verbannt wurde, seinem japanischen Freund Suzaku, dass er Britannia zerstören würde.
Jahre später ist Lelouch ein Schüler, der regelmäßig die Schule überspringt, um Schach zu spielen und zu spielen. Als er auf eine terroristische Gruppe von Elevens stößt, die nach dem Diebstahl eines Militärgeheimnisses von einer britischen Task Force gefasst werden, wird Lelouch unerwartet wieder mit Suzaku vereint, die als Mitglied des britischen Militärs arbeitet. Als der Rest der Task Force eintrifft, wird Suzaku wegen Missachtung von Befehlen erschossen, während das Militärgeheimnis, ein junges Mädchen, Lelouch die Macht gibt, jeden dazu zu bringen, einem Befehl zu gehorchen. Lelouch übernimmt das Kommando über die Terroristen, nimmt den Pseudonym „Zero“ an und beginnt seine Rebellion, um Britannia ein für alle Mal zu vernichten. Sein größter Freund wird jedoch bald zu einem seiner beunruhigendsten Feinde, als Suzaku der Pilot von Britannias neuem Testmodell Knightmare, dem Lancelot, wird.
Hinweis: Die Handlung unterscheidet sich ein wenig vom Anime.
