Im Jahr 2032 leidet die Erde unter einer plötzlichen Invasion durch außerirdische Kräfte. Neunzehn Jahre vergingen nach diesem Ereignis, und angesichts des Chaos auf der ganzen Welt besteht die einzige Möglichkeit, die Welt vor der völligen Zerstörung zu retten, darin, zu überleben und gegen diejenigen zu kämpfen, die die Erde zur vollständigen Vernichtung zwingen.
Black Rock Shooter (im Spiel eine „lebende Waffe“ mit dem Namen BRS) ist mit dem Schutz der Menschheit betraut und besitzt die Fähigkeit, als ultimative Waffe gegen die Invasoren zu kämpfen. Sie taucht aus den Ruinen von San Francisco auf und erlebt eine Ansammlung überlebender Truppen, die sie während ihrer gesamten Mission unterstützt.
