Weltraum, die ferne Zukunft. Ein einsames Samenschiff, die Sidonia, leert die Leere, zehn Jahrhunderte seit der Auslöschung des Sonnensystems. Die massiven, fast unzerstörbaren, aber kaum empfindungsfähigen außerirdischen Lebensformen, die die Heimatwelt der Menschheit zerstörten, stellen weiterhin eine existenzielle Bedrohung dar. Nagate Tanikaze hat nur das Leben im Darm des Gefäßes tief unter den funkelnden Schichten gekannt, in denen Menschen Photosynthese und neue Geschlechter erreicht haben. Kurz nachdem er aus dem Untergrund aufgetaucht ist, hinterlässt der junge Mann der jungen Kapitänin des Raumschiffs ein wertvolles Erbe.
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