In AG 101 (dem 101. Jahr des Kalenders der fortgeschrittenen Generation) greift eine mysteriöse Entität, die nur als "UE" oder "unbekannter Feind" bekannt ist, die Weltraumkolonie Angel an und zerstört sie. Dieser brutale Angriff wird berüchtigt als "Der Tag, an dem der Engel fiel" und markiert den Beginn des Überlebenskrieges der Menschheit. Die Serie beginnt in AG 108, als die UE die Weltraumkolonie Ovan angreift, in der Flit Asuno jetzt lebt, nachdem er vor ihrer Zerstörung der Kolonie Angel entkommen ist. Flits Mutter, kurz bevor sie von der UE getötet wird, gibt sie ihrem Sohn ein Objekt namens "AGE Device". Darin entdeckt er die Blaupausen für eine mächtige Waffe aus der Vergangenheit - den alten Messias namens „Gundam“.
Ausgehend von diesen Bauplänen verbringt Flit die nächsten Jahre damit, Ingenieurwissenschaften an einer Basis der Earth Federation in der Nora-Weltraumkolonie zu studieren und das Gundam AGE-1 zu entwerfen. Sieben Jahre später, in AG 115, vollendet Flit die Gundam AGE-1 Normal, genau wie die UE Nora angreift, und nutzt sie, um der Besatzung des Schlachtschiffs „Diva“ der Föderation bei der Evakuierung der Bürger der Kolonie zu helfen, bevor sie zerstört wird. Flit ist fest entschlossen, den Kampf um die zweimalige Zerstörung seines Hauses in die UE zu bringen, und erklärt sich bereit, bei Divas mobilem Anzugtrupp zu dienen, der die Gundam steuert. Nachdem die Besatzung der Diva und ihre Verbündeten genügend Daten und militärische Macht erhalten hatten, um eine Vorgehensweise festzulegen, starteten sie einen erfolgreichen Angriff, der die geheime Festung der UE im Ambat-Asteroiden zerstörte. Dort erfahren sie, dass die UE tatsächlich die Nachkommen einer angeblich gescheiterten menschlichen Mission sind, die zur Kolonisierung des Mars geschickt wurde und von der Erdföderation für tot erklärt wurde, die ihre eigene Nation auf dem roten Planeten namens Veigan gründete.
